Второй сезон сериала Под куполом начинается ровно там, где закончился первый. Гигантский невидимый купол по-прежнему накрывает маленький городок Честерс Миллз в штате Мэн. Люди внутри не могут выйти наружу, а те, кто остался снаружи, не имеют ни малейшего шанса попасть домой.

Жизнь под куполом быстро меняется. Запасы еды и воды тают на глазах. Электричество работает с перебоями. Телефоны молчат. Интернет пропал в тот же день. Жители понимают, что теперь им придется выживать сами, без помощи полиции штата и федерального правительства.

В центре внимания по-прежнему остается Дейл Барбара, бывший военный, которого все называют просто Барби. В первом сезоне его едва не повесили по ложному обвинению. Теперь он пытается навести хоть какой-то порядок и не дать городу скатиться в хаос. На его стороне шериф Линда и журналистка Джулия, которая верит Барби больше, чем большинству местных.

А вот Большой Джим Ренни, местный автодилер и единственный член городского совета, который остался в живых, видит ситуацию иначе. Он считает, что купол это шанс стать настоящим хозяином города. Джим готов на все, лишь бы сохранить власть в своих руках. Даже если для этого придется убирать неугодных.

Появляются и новые лица. Среди них загадочная девушка по имени Мелани, которую находят в лесу. Она ничего не помнит о себе, кроме того, что была здесь много лет назад. Постепенно выясняется, что купол связан с событиями двадцатипятилетней давности, когда в этих же местах пропадали подростки.

Жители начинают замечать странные вещи. По ночам купол иногда светится розовым светом. Магнитные приборы сходят с ума. У некоторых людей появляются необычные способности. Дети рисуют одинаковые рисунки с черными яйцами и звездами.

Запасы пропана, который в городе используют для отопления и готовки, оказываются под контролем Большого Джима. Он решает, кто получит газ, а кто будет мерзнуть. Это становится еще одним рычагом давления на людей. Город делится на тех, кто готов подчиняться, и тех, кто начинает тихо сопротивляться.

Барби и его друзья находят способ связаться с внешним миром через электронную почту. Им отвечает военная по имени Хантер. Она сообщает, что армия тоже не понимает природу купола и пока просто наблюдает. Никакой помощи ждать не приходится.

Постепенно раскрывается главная тайна. Купол появился не случайно. Он защищает что-то очень важное, что находится прямо под городом. И это что-то связано с теми самыми черными яйцами, которые видели дети. Яйцо, найденное в первом сезоне, оказывается живым и начинает пульсировать сильнее.

С каждым днем кислорода под куполом становится меньше. Люди задыхаются. Начинается паника. Большой Джим объявляет военное положение и вводит комендантский час. Те, кто нарушает правила, исчезают навсегда.

В финале сезона жители стоят перед выбором. Либо они найдут способ уничтожить купол изнутри, либо он убьет их всех. Барби, Джулия и их друзья решают спуститься в туннели под школой, где, по слухам, спрятан выход в другой мир. Туда же направляется и Большой Джим со своим сыном Джуниором, но у каждого из них свои планы.

Второй сезон держит в напряжении до последней минуты. Здесь больше тайн, больше крови и больше вопросов, на которые пока нет ответов. Городок Честерс Миллз превращается в огромную клетку, где выживает только тот, кто готов меняться быстрее остальных.