Девятый сезон Анатомии страсти начинается после страшной авиакатастрофы, в которой едва не погибли главные герои. Мередит, Дерек, Кристина, Аризона, Марк и Лекси оказались в лесу далеко от города. Не все вернулись домой живыми.

Марк Слоун долго борется за жизнь в реанимации, но сердце останавливается. Его смерть становится тяжелым ударом для всех, особенно для Лекса уже нет, а теперь и он. Калли остается одна с малышкой Софией и пытается собрать себя по кусочкам.

Мередит и Дерек наконец-то становятся родителями. У них рождается сын, которого называют Бейли в честь доктора Миранды Бейли, которая когда-то приняла роды прямо в темноте во время отключения света. Теперь в их доме шумном доме бегает Зола и плачет новорожденный.

Кристина Янг уезжает в Миннесоту, но быстро понимает, что там ей не место. Она возвращается в Сиэтл, хотя отношения с Оуэном уже никогда не будут прежними. Они пытаются жить вместе, но оба чувствуют пустоту.

Аризона Роббинс теряет ногу после аварии. Сначала она винит во всем Калли, потом себя, потом весь мир. Ей тяжело привыкать к протезу и к новой себе. Иногда она кричит на всех вокруг, иногда просто молчит целыми днями.

В больницу приходят новые интерны, еще более неопытные и растерянные, чем были когда-то наши герои. Джо, Стефани, Хизер и Лиа постоянно попадают в неприятности, путают пациентов и ломают оборудование. Но именно им предстоит вырасти в настоящих врачей.

Оуэн Хант становится начальником хирургии. Он старается быть строгим, но справедливым. Внутри у него продолжается борьба хочет ли он детей или нет. Этот вопрос почти разрушил его брак.

Мередит наконец-то чувствует себя уверенно в операционной. Она больше не та робкая девочка-интерн. Теперь коллеги зовут ее просто Грей, и это звучит как комплимент.

Алекс Карив все больше времени проводит в детском отделении. Он понимает, что нашел свое место. Маленькие пациенты тянутся к нему, а он неожиданно оказывается очень нежным с ними.

Бейли переживает развод. Ей тяжело, но она не показывает вида. На работе она по-прежнему железная леди, которая может поставить на место любого.

Джексон и Эйприл решают пожениться, но в самый последний момент Эйприл сбегает от алтаря. Она понимает, что все еще любит Джексона. Это решение переворачивает жизни сразу нескольких человек.

В финале сезона больницу сотрясает сильнейший шторм. Свет гаснет, лифты останавливаются, вода заливает коридоры. Врачи снова оказываются в ситуации, где каждое решение может стоить кому-то жизни.

Девятый сезон показывает героев уже не такими молодыми и наивными. Они потеряли друзей, пережили страшные испытания, но продолжают каждый день приходить в больницу и спасать чужие жизни, потому что это единственное, что они умеют делать по-настоящему хорошо.