В третьем сезоне «Агента национальной безопасности» снова встречаются старые друзья. Алексей Николаев и Андрей Краснов возвращаются к работе после короткого отдыха. Им сразу поручают странное и тревожное дело.

Полковники Тарасов и Тихомиров вызывают их в кабинет. Десять лет назад был официально закрыт и ликвидирован секретный алмазный рудник под названием Заводск-49. Все документы подписаны, объект затоплен, охрана снята. Но недавно разведка получила достоверные сведения: оттуда продолжают выходить крупные партии необработанных алмазов, которые никто не учитывает и не декларирует.

Кто-то сумел сохранить производство в глубокой тайне. Люди работают под землёй, техника исправна, алмазы поднимают на поверхность и сразу увозят по неизвестным каналам. При этом ни одна служба не замечает движения.

Николаев и Краснов отправляются на север, в заброшенный посёлок рядом с бывшим рудником. Местные жители говорят, что иногда ночью слышат гул из-под земли и видят свет в вентиляционных шахтах. Многие боятся приближаться к старым воротам.

Агенты спускаются в затопленные штреки и обнаруживают, что вода откачана из главных галерей. Кто-то восстановил насосы и электричество. По стенам протянуты новые кабели, стоят современные лампы, а в глубине слышна работа отбойных молотков.

Чем глубже они продвигаются, тем яснее становится: здесь создали целое подпольное предприятие. Работают бывшие заключённые и специалисты, которых считали давно пропавшими. Руководит всем человек, которого все считают погибшим ещё в девяностых.

Друзьям предстоит пройти через старые шахты, наполненные водой и опасными газами. Им нужно понять, кто стоит за возрождением рудника и куда уходят миллиарды необъявленных камней.

Каждая новая смена приносит неожиданные встречи. То с бывшим начальником охраны, который теперь сам в наручниках под землёй, то с молодыми инженерами, которых заманили огромными деньгами и не выпускают наружу.

Николаев привычно действует напролом, а Краснов ищет слабые места в системе охраны и снабжения. Вместе они постепенно разрушают сложную сеть, которая десять лет обманывала всю страну.

В финале друзья выходят на главного организатора. Им оказывается тот, от кого этого никто не ожидал. Развязка происходит на самой нижней отметке рудника, где хранится последняя, самая крупная партия алмазов.

Старые товарищи снова доказывают, что для них нет невыполнимых задач. Заводск-49 окончательно прекращает своё тайное существование, а все причастные получают по заслугам.

Третий сезон получился динамичным и напряжённым. Зрителей ждут знакомые герои, новые опасные приключения и традиционный счастливый финал в духе лучших российских боевиков начала двухтысячных.